燕王朱棣起兵“靖难”。所谓靖难就是清君侧，灭杀朝廷奸臣，而这个奸臣就是指以方孝孺为首的政治集团，因为方孝孺一直提倡削藩，他认为藩王不削天下不安，明惠帝采纳建议，上任不到一个月就开始大肆削藩，逼死了好几个叔叔。

燕王朱棣也险些遇害，装疯卖傻才侥幸得活，可是手里兵权却被收缴了，但是方孝孺仍旧不放心，还要让他进京，想要将其软禁在金丝笼内，朱棣被逼无奈，以方孝孺等人荼毒皇室宗亲为由起兵靖难。

说起来方孝孺是“人被点子低”，朱棣起兵之初只有五百人，朝廷派大将耿炳文率十多万大军迎战，结果吃了败仗，十万大军剩下不足一半，另一半要么投向了燕军，要么就战死了，燕王一战扬名，杀得朝廷大军闻风丧胆。

朱允炆哪里晓得自家叔叔这么厉害，吓得想要议和，这时方孝孺等人极力反对，并推荐李景隆为大将，因为李景隆乃是名将之后，战法韬略无所不精。当时朱允炆已经无人可用，因为开国老将都被朱元璋给杀干净了，满朝武将中，也就李景隆资历最高。

于是朝廷又出兵了，李景隆率领十万大军迎战燕王，谁料这家伙比耿炳文还不如，十万大军被杀得丢盔卸甲只顾逃命，也幸好是跑得快，所以损失不大。而后李景隆整军再战，这时方孝孺等人在朝廷内为李景隆摇旗呐喊，又给他增兵二十万，可战况胶着不下，燕王得河南僧兵相助，接着又策反了宁王，宁王为其提供了兵马粮草，致使燕王一夜之间实力大增。

李景隆得知情况，立马休书求援，朝廷又陆陆续续给他增兵四十多万，兵力空前，竟达到了八十万，而此时的燕王兵马不过五万人，双方在北平决一死战，结果李景隆八十万大军全军覆没，致使朝廷一蹶不振。

三年靖难，惠帝生死成谜。

燕王攻入京师，第一个逮捕的就是方孝孺十族，他说不诛其十族不足以泄心头之恨！

这是正史说法，而民间传说更具吸引力，可以说是“灭十族”的前传。

传说方孝孺出生前，其父准备建造祖坟，于是选了一块风水宝地，准备第二天便开工。可当晚他却做了一个怪梦，梦见一红衣老人，向他百拜，哀求说：“你选的地点，正是我住了很久的地方，我哀求你再宽延三天，等我的子孙搬到其他地方去后，你再造坟墓，我一定报答你的恩情。”恭恭敬敬的说了三次，千叮万嘱，要求三天后才掘土，然后便化作云雾而去。

方孝孺的父亲梦醒以后，想想哪有这种事情？梦中的事多是虚无漂渺的，而且已经看了明天吉日，哪能再延三天？就命令工人开工掘地。掘至地下，发现一穴，穴中有红蛇数百条，他就用火把红蛇全部烧死了。当晚又梦见那位红衣老人，满面怨恨对他说：“我至心哀求你，你竟然把我子孙八百全部烧死，你灭我族，我亦要灭你全族。”

就在这蛇群被烧死后，方孝孺就出生了，民间传言他就是那红衣老人转世，目的就是为了报复方家灭族之恨。燕王夺天下后本不想大张旗鼓诛杀方孝孺，因为方孝孺名声在外，是天下第一大儒，若是贸然杀他必然引起读书人的不满。

于是燕王让方孝孺写登基诏书，结果方孝孺写了四个大字“燕贼篡位”！燕王大怒问：“你不怕灭九族吗？”方孝孺答：“灭十族又如何？”燕王怒极反笑道：“好！我就灭你十族。”但转念一想，只有九族，哪有十族，想来想去，方孝孺还有老师、学生，就算上一族吧！结果牵连无数！

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